Am BWZ Toggenburg finden Freifachkurse für die unterschiedlichen Berufe statt. Die Teilnahme an den Kursen ist freiwillig und unterstützt die Lernenden in ihrer Ausbildung. Freifachkurse sind für Lernende, welche eine Berufsfachschule des Kantons St. Gallen besuchen, kostenlos. Je nach Kurs können Materialkosten entstehen, die durch die Lernenden getragen werden.
Die Kurse werden zusätzlich über das Intranet myBWZT ausgeschrieben.